Всем известно правило, когда компания на упрощенке, которая выделила в счете-фактуре НДС, должна перечислить его в бюджет (п. 5 ст. 173 НК). Кроме того, нужно сдать декларацию. Покупатель же в этом случае вправе на основании счета-фактуры заявить НДС к вычету (постановление Конституционного суда от 03.06.2014 № 17-П).

Если же покупатель по ошибке выделил НДС в платежке, а продавец счет-фактуру не выставлял, платить налог в бюджет он не обязан (письмо Минфина от 15.02.2018 № 03-07-14/9470).

В Налоговом Кодексе прописаны еще некоторые ситуации, когда упрощенцы платят НДС:
1. При ввозе товаров из другой страны в РФ и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (п.2 ст.346.11 НК);
2. При покупке товаров в РФ у иностранного продавца, не стоящего на учете в ИФНС России (п.5 ст.161 НК);
3. Когда компания купила, арендовала, получила государственное или муниципальное имущество (п.3 ст.161 НК)

Недавно Минфин выпустил еще одно письмо, в котором получено разъяснение о том, что нужно заплатить НДС с реализации, даже если предоплату получили на упрощенке. Т.е. компания получила аванс от покупателя, когда была на упрощенной системе. А товар отгрузила уже после того, как перешла на общий режим. В этой ситуации с реализации нужно начислить НДС (письмо Минфина от 24.05.2018 № 03-07-11/35126). Например, компания на упрощенке 5 июня получила аванс в размере 300 000 руб. В июле потеряла право на спецрежим и перешла на общую систему с III квартала. Организация отгрузила товар покупателю 20 июля. Компания выставила покупателю счет-фактуру на 590 000 руб., в том числе НДС — 90
000 руб. После этого покупатель доплатил 290 000 руб. (590 000 – 300 000).